山东大学基础医学院病原生物学系由原微生物学教研室和寄生虫学教研室合并组建；原医学微生物学教研室于20世纪50年代初由我国著名医学微生物学专家黄翠芬院士创立，原寄生虫学教研室最早可追溯至1891年在济南正式建校并招生的华美医院医校；病原生物学专业于1981年获得我国首批硕士学位授予权, 1998年确定为山东省第一个病原生物学博士点和博士后流动站；2001年加入国家教育部实验畸形学重点实验室，2006 年被批准为山东省病原生物学重点学科，2008年被批准为山东省感染与免疫重点实验室。

病原生物学系现有在职教师23人；教授11人（含研究员2人）、副教授8人（含副研究员1人）、讲师4人（含助理研究员1人）；其中博士研究生导师8人，硕士研究生导师6人，全部教师均拥有博士学位，18人有海外留学经历；现有国家。学系主要承担教学、科研和研究生培养等任务；包括医学微生物学课程组和人体寄生虫学课程组，建设有国家级精品课程，主编教材10余部。

科研方面，已形成由中青年学术骨干组成的科研梯队，其中国家杰青1名、山东省杰青及海外优青等省级人才2名、齐鲁青年学者3名。承担或完成国家重大科学计划课题1项，国家杰出青年科学基金1项，国家自然科学基金优秀青年项目1项，国家自然科学基金项目30余项，山东省重大科技创新工程项目1项，山东省自然科学基金重大基础研究、杰出青年基金、联合基金、面上和青年项目等多项，总研究经费超过两千万元。

学系主要有病原感染与固有免疫、病原感染与恶性转化、细菌耐药机制以及寄生虫与寄生虫病研究四个科研方向。聚焦多种危害人类健康的细菌、病毒和寄生虫，从揭示病原生物与宿主相互作用的角度，阐释病原感染、细菌耐药、免疫逃逸及恶性转化等的机制，为病原生物的防控提供理论依据；相关研究成果发表在Nature Immunology、Immunity、Clinical Microbiology Reviews、Journal of Experimental Medicine、Journal of Clinical Investigation、Gastroenterology、Science Advances、Nature communications、Clin Cancer Res、PNAS、Oncogene、Cell Reports、PLoS Pathogens等权威杂志。

学系每年在病原生物学、免疫学及细胞生物学等专业招生博士研究生6-8名，硕士研究生12-15名，博士后2-4名。同时，欢迎国内外优秀学者加入、交流和指导，促进病原生物学和免疫学等相关学科发展和我国医学、生命科学的进步。