聚焦病毒、细菌和寄生虫等病原生物及其感染所导致疾病，以“病原感染-宿主免疫-疾病”为研究主线，从病原生物与宿主互作的角度，阐明病原生物感染、抗感染免疫活化及调控、病原致癌等的分子机制，形成了四个研究方向：

1.病原感染与固有免疫：从病原感染影响宿主代谢、细胞内环境等角度，揭示病原感染导致固有免疫活化异常的分子机制，阐明免疫逃逸及机体组织损伤的机理。

2.病原（幽门螺杆菌等）感染免疫与炎癌转化机制：探讨细菌、病毒等感染相关的炎症机制及幽门螺杆菌等病原体感染致细胞恶变的机制。

3.细菌耐药机制：探讨幽门螺杆菌毒力基因表达调控机制及其与宿主癌基因的互作。

4.致病性寄生虫（弓形虫）的致病机制和防治策略。